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10月12日，由中國中醫藥出版社主辦，我校承辦的全國中醫藥行業高等教育“十三五”規劃教材《物理藥劑學》編委會召開。湖南中醫藥大學、上海中醫藥大學、安徽中醫藥大學等17個中醫藥院校的19名專家、中國中醫藥出版社杜素偉編輯參加了教材編委會。《物理藥劑學》主編、中藥學院副院長吳清主持會議。

10月11日至13日，由中國中醫藥出版社主辦，北京中醫藥大學承辦的“全國中醫藥行業高等教育十三五規劃教材編寫會”在我校召開。此次我校共有《職業生涯規劃與管理》《針刀醫學》《傳染病學》《中藥安全與合理用藥導論》《物理藥劑學》5本教材召開編寫會。谷曉紅副校長、林超岱副社長、閆永紅處長首先發表講話，出版社和學校都十分重視此次規劃教材建設。

10月12日，經中國科學技術信息研究所依據多項學術指標綜合評定及同行專家評議推薦，我校主辦的《現代中醫臨床》雜志（原《北京中醫藥大學學報（中醫臨床版）》）連續第三年被收錄為“中國科技核心期刊”（中國科技論文統計源期刊）。同時，影響因子也獲得大幅提升，根據中信所發布數據，《現代中醫臨床》核心影響因子為0.381。

10月12日，中國科學技術信息研究所（ISTIC）在北京召開中國科技論文統計結果發布會，《北京中醫藥大學學報》榮獲2015年“百種中國杰出學術期刊”稱號，這是《北京中醫藥大學學報》連續第四次（2012、2013、2014、2015年）獲得“百種中國杰出學術期刊”稱號。

在市委教育工委、市教委、市人力社保局開展的2015-2016年度北京高校德育工作先進集體和優秀德育工作者評選表彰工作中，我校馬克思主義學院榮獲北京高校德育先進集體，王良濱老師榮獲北京高校優秀德育工作者。

9月29日上午，徐安龍校長在西校區會見了塔吉克斯坦國立民族大學校長、塔吉克斯坦科學院院士伊馬莫左達·穆哈馬德尤素福（IMOMZODA MUHAMMADYUSUF）、該校孔子學院塔方院長馬赫馬迪耶夫諾茲木（MAHMADIEV NOZIM）及中方院長賈靜芳等一行。

9月29日，北京市委教育工委在北京大學辦公樓禮堂隆重舉行了北京高校思想政治理論課建設專題會暨“名家領讀經典”活動啟動儀式。我校靳琦副書記帶隊，馬克思主義學院王梅紅院長、思政課青年教師呂薇和程旺全程參會。會上，馬克思主義學院王梅紅院長代表我校接受了北京市委教育工委的北京高校思想政治理論課教學改革示范點授牌。

9月24日至25日，第三屆北京市大學生創新創業教育成果展與經驗交流會在召開,我校組織了40多名師生參加了本次成果展。

9月22日至24日，由中國針灸學會和全國中醫藥高等教育學會聯合主辦，長春中醫藥大學承辦的“2016全國中醫藥院校針灸推拿臨床技能大賽”在吉林長春舉行。針灸推拿學院副郭長青院長和趙慧玲老師應邀擔任大賽裁判，我校代表隊由針灸推拿學院侯中偉副書記擔任指導教師，由教務處羅祥云、針灸推拿學院李曉芳、國際學院徐蘇帶隊，臨床教師組、中國學生組、留學生組各4位選手，一行共計18人參加了比賽。

9月26日上午，校長徐安龍在良鄉校區為2016級本科生上了大學第一堂課，主題為“中醫國際傳播戰略與實踐”。2016級全體本科生、新生輔導員和班主任聆聽了報告，報告由學工部部長杜偉主持。

9月23日下午，我校2016級新生軍訓閉營儀式在北京中少軍培訓中心基地順利舉行。校黨委書記吳建偉，副書記、副校長翟雙慶及學生工作武裝部和各學院的領導出席了本次儀式，并在儀式后觀看了2016級新生軍訓文藝匯演。

9月21日，中國儀器儀表學會科學技術獎頒獎大會在京閉幕。我校中藥學院吳志生副研究員獲“中國儀器儀表學會青年科技人才獎”。

9月12日，新加坡南洋理工大學2013級“中醫—生物”雙學士學位項目學生開學式在第二臨床醫學院（東方醫院）隆重舉行。南洋理工大學雙學位項目主任羅世杰、副主任吳再池，我校教務處處長閆永紅、國際交流與合作處處長張立平，第二臨床醫學院黨委書記馬繼福、院長張允嶺、副院長楊曉暉和相關教師代表出席了開學式。開學式由馬繼福書記主持。

為了提高我市教育事業統計工作質量，增強統計服務能力，北京市教委對各區教委、各高等學校和有關科研機構及統計人員的教育事業統計工作質量進行了評估。

9月15日上午，校黨委副書記、副校長翟雙慶，學工部武裝部部長杜偉，基礎醫學院院長劉建平，中藥學院院長林瑞超，針灸推拿學院黨委書記鄔繼紅、副書記侯中偉，管理學院黨委書記陳崢，護理學院黨總支副書記牛慧君，人文學院黨委書記林建平、副院長陳鋒等學校及學院領導，和各學院2016級新生班主任老師們來到軍訓基地，看望我校正在軍訓的2016級全體新生，并向軍訓教官致以節日的問候和誠摯的感謝。

9月8日下午，我校召開教師座談會，喜迎第32個教師節的到來。本次座談會由人事處（教師發展中心）組織召開。校黨委書記吳建偉出席座談會，教務處、研究生院、學工部、人事處負責同志和教師代表共計40余人參加了座談會。會議由谷曉紅副校長主持。

9月14日，我校召開2016年北京市朝陽區和平街地區區人大換屆選舉工作第一階段工作布置會。校黨委副書記靳琦，校工會常務副主席文萍，學校各基層黨委、黨總支和直屬黨支部負責人參加了會議。會議由靳琦副書記主持。

9月10日下午，“建設世界一流中醫藥大學高層研討會”在我校召開。我校校長徐安龍、副校長谷曉紅，上海中醫藥大學校長徐建光，廣州中醫藥大學校長王省良，南京中醫藥大學校長胡剛，長春中醫藥大學校長宋柏林，成都中醫藥大學副校長劉旭光，湖北中醫藥大學校長呂文亮，甘肅中醫藥大學黨委書記王海燕，浙江中醫藥大學黨委書記孫秋華，河南中醫藥大學副校長徐江雁，云南中醫學院黨委書記楊建軍出席了會議，各高校相關部門負責人參加了會議。會議由徐安龍校長主持。

9月7日，借我校慶祝60周年華誕之際，徐安龍校長代表學校與HLA醫學多塞諾獎實驗室平臺主席Dominique Charron、歐洲系統生物醫學研究院（European Institute of System Biology and Medicine，總部設在法國）主席Charles Auffray以及歐洲醫學精準平臺主席Jean-Pierre Armand“四方攜手”簽署了中西醫結合共同促進人類健康的合作協議。

9月9日， Journal of Traditional Chinese Medical Sciences ，即《中醫科學雜志》（英文）第一屆編委會第三次會議召開。我校校長、主編徐安龍，常務副主編劉建平，來自國內外的編委：香港勞力行、德國Dieter Melchart、俄羅斯PAVLOVA Ludmila和ZILOV Wadim G.，以及外籍編輯Nissi Wang等30余人參會。會議由劉建平副主編主持。